Luego del desvío del río Magdalena se puso en marcha este programa que permitió proteger y rescatar los peces que pudieran quedar estancados y atrapados en pocetas, durante la operación del túnel de desvío.

La finalización del Programa de rescate contingente de peces arrojó resultados positivos. En total fueron liberados 64.396 peces de 67.197 capturados, pertenecientes a 37 especies. Los peces fueron capturados con atarrayas y chinchorros de diferentes tamaños de ojo de malla y posteriormente trasladados en contenedores, manteniendo la temperatura y el oxígeno y liberados aguas arriba de la desviación. Durante el proceso, a los peces capturados se les tomó información específica como: especie, talla y peso, antes de ser liberados al río.

La ejecución de este programa permitió garantizar la supervivencia de estas especies y aportar a la conservación de la biodiversidad del río Magdalena.